Son áreas geográficas que se caracterizan por presentar altos niveles de especies endémicas (especies con rangos pequeños de distribución) a nivel mundial y por presentar un alto riesgo de extinción, debido a que estas áreas han perdido más del 70% de su vegetación original. El hotspot mesoamericano alberga aproximadamente 7% de las especies del planeta y alrededor del 5.7 % de los vertebrados. Sin embargo, 75% de sus bosques se han perdido en las últimas décadas, y los bosques remanentes se continúan deforestando hasta la fecha. Myers, N., et al., Biodiversity hotspots for conservation priorities.
Las regiones de interés de Jaguar Conservancy se concentra en áreas incluidas en dos Hotspots: Mesoamérica y Bosques de Pino Encino de la Sierra Madre.
En verde, los 15 Hotsposts identificados por Myers en 2000 y en azul los agregados en 2004.
2. Mesoamerica
3. The Caribbean Islands
4. The Atlantic Forest
5. Tumbes-Chocó-Magdalena
6. The Cerrado
7. Chilean Winter Rainfall-Valdivian Forests
8. The California Floristic Province
9. Madagascar and the Indian Ocean Islands
10. The Coastal Forests of Eastern Africa
11. The Guinean Forests of West Africa
13. The Succulent Karoo
14. The Mediterranean Basin
15. The Caucasus
16. Sundaland
17. Wallacea
18. The Philippines
19. Indo-Burma
20. The Mountains of Southwest China
21. Western Ghats and Sri Lanka
22. Southwest Australia
24. New Zealand
25. Polynesia and Micronesia
26. The Madrean Pine-Oak Woodlands
27. Maputaland-Pondoland-Albany
28. The Eastern Afromontane
29. The Horn of Africa
30. The Irano-Anatolian
31. The Mountains of Central Asia
32. Eastern Himalaya
33. Japan
34. East Melanesian Islands